Η Ελένη Παπαδογιαννάκη έχει εκπονήσει τη διατριβή της στο Πανεπιστήμιο Κρήτης με τίτλο Οι επιφωνηματικές φράσεις στην αρχαία ελληνική ποίηση της αρχαϊκής και κλασικής περιόδου: η σημασία και η λειτουργία τους (2007) ως υπότροφος του Ιδρύματος Ωνάση. ΄Εχει δημοσιεύσει άρθρα σε διεθνή περιοδικά. Τα ερευνητικά της ενδιαφέροντα αφορούν στα επιφωνήματα, στα συναισθήματα, στο ομηρικό έπος, στους ομηρικούς ύμνους, στον θρήνο, στο δράμα.